中文网站
Tak, fordi du besøger Nature.com. Du bruger en browserversion med begrænset CSS-understøttelse. For at få den bedste oplevelse anbefaler vi, at du bruger en opdateret browser (eller deaktiverer kompatibilitetstilstand i Internet Explorer). For at sikre løbende support viser vi desuden webstedet uden typografier og JavaScript.
Viser en karrusel med tre slides på én gang. Brug knapperne Forrige og Næste til at navigere gennem tre slides ad gangen, eller brug skyderknapperne i slutningen til at navigere gennem tre slides ad gangen.
Siden udbruddet af coronavirussygdommen (COVID-19) i 2019 er mange kommercielle nukleinsyreamplifikationstests (NAAT'er) blevet udviklet over hele verden og er blevet standardanalyser. Selvom adskillige tests hurtigt blev udviklet og anvendt til laboratoriediagnostiske tests, er deres ydeevne ikke blevet evalueret i en række forskellige sammenhænge. Derfor havde dette studie til formål at evaluere ydeevnen af Abbott SARS-CoV-2-, Daan Gene-, BGI- og Sansure Biotech-analyserne ved hjælp af Composite Reference Standard (CRS). Undersøgelsen blev udført på Ethiopian Public Health Institute (EPHI) fra 1. til 30. december 2020. 164 nasopharyngeale prøver blev ekstraheret ved hjælp af QIAamp RNA mini-kittet og Abbott DNA-prøveforberedelsessystemet. Ud af 164 prøver var 59,1 % positive og 40,9 % negative for CRS. Sansure Biotech-positiviteten var signifikant lav sammenlignet med CRS (p < 0,05). Sansure Biotech-positiviteten var signifikant lav sammenlignet med CRS (p < 0,05). Положительные результаты Sansure Biotech были значительно ниже по сравнению с CRS (p < 0,05). Sansure Biotechs positive resultater var signifikant lavere sammenlignet med CRS (p < 0,05).与CRS 相比，Sansure Biotech 的阳性率显着较低（p < 0,05）.与CRS 相比，Sansure Biotech 的阳性率显着较低（p < 0,05）. У Sansure Biotech было значительно меньше положительных результатов по сравнению с CRS (p < 0,05). Sansure Biotech havde signifikant færre positive resultater sammenlignet med CRS (p < 0,05).Den samlede overensstemmelse mellem de fire analyser var 96,3-100 % sammenlignet med CRS. Ud over den lave positivitetsrate for Sansure Biotech-assayet var de fire assays ydeevne næsten sammenlignelig. Som sådan kræver Sansure Biotech [Research Only (RUO)]-assayet yderligere validering til brug i Etiopien. Endelig bør yderligere forskning overvejes for at evaluere assays med passende producentpåstande.
Laboratorietestning er en del af Verdenssundhedsorganisationens (WHO) strategiske plan for beredskab og reaktion på coronavirussygdom 2019 (COVID-19) (SPRP). WHO anbefaler, at lande opbygger laboratoriekapacitet for at forbedre beredskabet, korrekt sagsbehandling, årvågenhed og hurtig reaktion på folkesundhedsudfordringer. Dette tyder på, at laboratoriets rolle er nøglen til at karakterisere sygdommen og epidemiologien hos nye infektiøse agenser og kontrollere deres spredning.
Diagnosen COVID-19 kræver epidemiologiske og medicinske oplysninger, personlige symptomer/tegn samt radiografiske og laboratoriedata2. Siden COVID-19-udbruddet blev rapporteret i Wuhan, Kina, er der blevet udviklet mange kommercielle nukleinsyreamplifikationstests (NAAT'er) over hele verden. Realtids revers transkriptionspolymerasekædereaktion (rRT-PCR) er blevet brugt som en rutinemæssig og standardmetode til laboratoriediagnose af infektion med alvorlig akut respiratorisk syndrom 2 (SARS-CoV-2)3. Molekylær detektion af SARS-CoV-2 er typisk baseret på N- (nukleokapsidproteingen), E- (konvolutproteingen) og RdRp- (RNA-afhængigt RNA-polymerasegen) generne i ORF1a/b (åben læseramme 1a/b) genregionen identificeret fra det virale genom. De anses for at være de primære konserverede regioner, der findes i virale genomer til virusgenkendelse4. Blandt disse gener har RdRp- og E-generne høj analytisk detektionsfølsomhed, mens N-genet har lav analytisk følsomhed5.
PCR-analysers ydeevne kan variere afhængigt af forskellige faktorer såsom: ekstraktionsreagenser, amplifikations-/detektionsreagenser, ekstraktionsmetode, kvaliteten af PCR-maskinen og andre instrumenter. Pr. april 2020 har mere end 48 forskellige diagnostiske apparater fra ni lande modtaget nødgodkendelse (EUA) til COVID-196-diagnostik. I Etiopien anvendes mere end 14 realtids-PCR-platforme til PCR-detektion af SARS-CoV-2 på 26 offentlige sundhedsinstitutioner, herunder ABI 7500, Abbott m2000, Roche 48000 og Quant-studio7. Derudover er forskellige PCR-testkit tilgængelige, såsom Daan Gene-testen, Abbott SARS-CoV-2-testen, Sansure Biotech-testen og SARS-CoV-2 BGI-testen. Selvom rRT-PCR er meget følsom, rapporterer nogle patienter med COVID-19 falsk negative resultater på grund af utilstrækkelige kopier af viral ribonukleinsyre (RNA) i prøver på grund af forkert indsamling, transport, opbevaring og håndtering samt laboratorietestning. personalets forhold og handlinger8. Derudover kan forkert håndtering af prøver eller kontroller, indstilling af cyklustærskel (Ct) og krydsreaktivitet med andre patogene nukleinsyrer eller inaktivt/resterende SARS-CoV-2 RNA føre til falsk positive resultater i rRT-PCR9-analyser. Det er således klart, at PCR-test faktisk kan identificere bærere af genfragmenter, da de ikke engang kan skelne mellem virkelig aktive virale gener, så testene kun kan identificere bærere og ikke patienter10. Derfor er det vigtigt at vurdere diagnostisk ydeevne ved hjælp af standardmetoder i vores miljø. Selvom mange NAAT-reagenser er tilgængelige på Ethiopian Public Health Institute (EPHI) og i hele landet, er der endnu ikke rapporteret nogen sammenlignende evaluering af deres effektivitet. Derfor havde denne undersøgelse til formål at evaluere den sammenlignende ydeevne af kommercielt tilgængelige kits til påvisning af SARS-CoV-2 ved rRT-PCR ved hjælp af kliniske prøver.
I alt 164 deltagere med mistanke om COVID-19 blev inkluderet i dette studie. Størstedelen af prøverne kom fra behandlingscentre (118/164 = 72%), mens de resterende 46 (28%) deltagere kom fra ikke-behandlingscentre. Blandt deltagerne, der ikke blev behandlet på centret, havde 15 (9,1%) klinisk mistænkte tilfælde, og 31 (18,9%) havde kontakt til bekræftede tilfælde. 93 (56,7%) deltagere var mænd, og deltagernes gennemsnitsalder (± SD) var 31,10 (± 11,82) år.
I dette studie blev positive og negative rater for fire COVID-19-tests bestemt. Således var de positive rater for Abbott SARS-CoV-2-assayet, Daan Gene 2019-nCoV-assayet, SARS-CoV-2 BGI-assayet og Sansure Biotech 2019-nCoV-assayet henholdsvis 59,1 %, 58,5 %, 57,9 % og 55,5 %. De positive og negative sammensatte referencestandardscorer (CRS) var henholdsvis 97 (59,1 %) og 67 (40,9 %) (Tabel 1). I dette studie var definitionen af CRS baseret på "enhver positiv"-reglen, hvor to eller flere testresultater, der gav det samme resultat, ud af fire testresultater, blev betragtet som sandt positive eller negative.
I dette studie fandt vi en negativ procentvis overensstemmelse (NPA) på 100 % (95 % CI 94,6–100) for alle analyser sammenlignet med CRS. Sansure Biotechnology-analysen viste en minimal PPA på 93,8 % (95 % CI 87,2-97,1), og Daan Gene 2019-nCoV-analysen havde en samlet overensstemmelse på 99,4 % (95 % CI 96,6-99,9). I modsætning hertil var den samlede overensstemmelse mellem SARS-CoV-2 BGI-analysen og Sansure Biotech 2019-nCoV-analysen henholdsvis 98,8 % og 96,3 % (Tabel 2).
Cohens kappa-koefficient for overensstemmelse mellem CRS og Abbott SARS-CoV-2-assayresultaterne var fuldt ud konsistent (K = 1,00). Tilsvarende er Cohens kappa-værdier detekteret af Daan Gene 2019-nCoV, SARS-CoV-2 BGI og Sansure Biotech 2019-nCoV også fuldt ud konsistente med CRS (K ≥ 0,925). I denne sammenlignende analyse viste chi-kvadrat-testen (McNemar-testen), at Sansure Biotech 2019-nCoV-assayresultaterne var signifikant forskellige fra CRS-resultaterne (p = 0,031) (Tabel 2).
Som vist i fig.1. Procentdelen af den laveste Ct-værdi (< 20 Ct) i Abbott SARS-CoV-2-assayet (kombineret RdRp- og N-gen) var 87,6 %, og ORF1a/b-genets Ct-værdi i Sansure Biotech 2019-nCoV-assayet viste, at procentdelen af den lave Ct-værdi (< 20 Ct) var 50,3 %, og den høje Ct-værdi (36-40 Ct) var 3,2 %. 1. Procentdelen af den laveste Ct-værdi (< 20 Ct) i Abbott SARS-CoV-2-assayet (kombineret RdRp- og N-gen) var 87,6 %, og ORF1a/b-genets Ct-værdi i Sansure Biotech 2019-nCoV-assayet viste, at procentdelen af den lave Ct-værdi (< 20 Ct) var 50,3 %, og den høje Ct-værdi (36-40 Ct) var 3,2 %.Som vist i fig.1, процент наименьшего значения Ct (< 20 Ct) анализа Abbott SARS-CoV-2 (комбинированный ген RdRp и N) составил 87,6 Ct. Ot. анализа Sansure Biotech 2019-nCoV показало что процент низкого значения Ct (< 20 Ct) составлял 50,3%, а высокое значения (36 Ct) - 4 Ct. составляло 3,2%. 1, procentdelen af den laveste Ct-værdi (< 20 Ct) analyse af Abbott SARS-CoV-2 (kombineret gen RdRp og N) var 87,6%, og Ct-værdien af ORF1a/b genanalyse af Sansure Biotech 2019-nCoV viste, at procentdelen af lav Ct-værdi (< 20 Ct) tegnede sig for 50,3%, og høj Ct-værdi (36-40 Ct) tegnede sig for 3,2%.如图1 所示，Abbott SARS-CoV-2 检测（结合RdRp 和N 基因）的最低Ct 值百分比三（< 20% Ct. 2019-nCoV 检测的ORF1a/b 基因Ct 值显示低Ct 值(< 20 Ct) 的百分比为50,3%，高Ct 值Ct(36)的百分比为3,2 %. Som vist i figur 1 er den laveste Ct-værdi i procent (< 20 Ct) for Abbott SARS-CoV-2-testen (kombination af RdRp og N-genet) 87,6%, ORF1a/b-genets Ct-værdi for Sansure Biotech 2019-nCoV-testen viser en lav Ct-værdi (< 20 Ct) på 50,3%, og en Ct-værdi (36-40 Ct) på 3,2%. Hvordan er det med рисунке 1, анализ Abbott SARS-CoV-2 (сочетающий гены RdRp и N) имел самое низкое процентное процентное в 2 Ctчентое (2 Ctчентое) размере 87,6%, а значение Ct гена ORF1a/b в исследовании Sansure Biotech 2019- Анализ nCoV показал низкий Ct. Som vist i figur 1 havde Abbott SARS-CoV-2-assayet (som kombinerer RdRp- og N-generne) den laveste procentvise Ct-værdi (< 20 Ct) på 87,6 %, mens Ct-værdien for ORF1a/b-genet i Sansure Biotech 2019-studiet – Analysen af nCoV viste en lav Ct. Процент значений (< 20 Ct) составил 50,3 %, а процент высоких значений Ct (36–40 Ct) составил 3,2 %. Procentdelen af værdier (< 20 Ct) var 50,3%, og procentdelen af høje Ct-værdier (36-40 Ct) var 3,2%.Abbott SARS-CoV-2 B-testen registrerede Ct-værdier over 30. På den anden side havde ORF1a/b-genet en høj Ct-værdi (> 36 Ct) i BGI SARS-CoV-2-assayet, og procentdelen var 4 % (fig. 1). På den anden side havde ORF1a/b-genet en høj Ct-værdi (> 36 Ct) i BGI SARS-CoV-2-assayet, og procentdelen var 4 % (fig. 1). С другой стороны, в анализе BGI SARS-CoV-2 ген ORF1a/b имел высокое значение Ct (> 36 Ct), процент которого состаля 1 (рисокое значение). På den anden side havde ORF1a/b i analysen af BGI SARS-CoV-2-genet en høj Ct-værdi (> 36 Ct), hvoraf procentdelen var 4% (fig. 1).另一方面，在BGI SARS-CoV-2 检测中，ORF1a/b 基因具有高Ct 值（> 36 Ct）的百分毼为分比为分比为 På den anden side er procentdelen af ORF1a/b-genet med en høj Ct-værdi (>36 Ct) ved BGI SARS-CoV-2-detektion 4% (figur 1). С другой стороны, в анализе BGI SARS-CoV-2 процент генов ORF1a/b с высокими значениями Ct (>36 Ct) составил 4% (рис.). På den anden side var procentdelen af ORF1a/b-gener med høje Ct-værdier (>36 Ct) i BGI SARS-CoV-2-analysen 4% (fig. 1).
I dette studie tog vi 164 nasofaryngeale prøver. For alle typer assays blev RNA-isolering og -amplifikation udført ved hjælp af de metoder og kits, der blev anbefalet af de respektive producenter.
Denne undersøgelse viste, at Abbotts test for SARS-CoV-2 har samme detektionsevne som CRS, med 100 % positiv, negativ og samlet overensstemmelse. Cohens kappa-overensstemmelse er 1,00, hvilket indikerer fuld overensstemmelse med CRS. En lignende undersøgelse foretaget af University of Washington i USA viste, at den samlede sensitivitet og specificitet af Abbotts test for SARS-CoV-2 var henholdsvis 93 % og 100 % sammenlignet med CDC's laboratoriebestemte assay (LDA). 11. Abbotts SARS-CoV-2-detektionssystemet er baseret på samtidig kombineret detektion af N- og RdRp-generne, da begge gener er mere følsomme, hvilket minimerer falske negative resultater12. En undersøgelse i Wien, Østrig, viste også, at store ekstraktionsprøvevolumener og detektionseluentvolumener minimerede fortyndingseffekter og øgede detektionseffektiviteten13. Abbotts perfekte match til SARS-CoV-2-assayet kan således forbindes med et platformdetektionssystem, der samtidig detekterer kombinatoriske gener, ekstraherer et stort antal prøver (0,5 ml) og bruger en stor mængde eluent (40 µl).
Vores resultater viste også, at detektionsevnen for Daan-gentesten var næsten den samme som for CRS. Dette stemmer overens med en undersøgelse14 udført på Anhui University i Huainan, Kina, og producentens påstand om 100 % positiv overensstemmelse. Trods rapporter om ensartede resultater var én prøve falsk negativ efter gentestning af det samme eluat, men var positiv i Abbott SARS-CoV-2- og Sansure Biotech nCoV-2019-analyserne. Dette tyder på, at der kan være variation i resultaterne på tværs af forskellige typer analyser. Ikke desto mindre var resultatet af Daan Gene-assayet i undersøgelsen udført i Kina15 signifikant anderledes (p < 0,05) sammenlignet med deres laboratoriedefinerede referenceassay. Ikke desto mindre var resultatet af Daan Gene-assayet i undersøgelsen udført i Kina15 signifikant anderledes (p < 0,05) sammenlignet med deres laboratoriedefinerede referenceassay. Тем не менее, в исследовании, проведенном в Китае15, результат анализа Daan Gene значительно отличался (p < 0,05) эталонного анализа. I et studie i Kina15 var Daan Genes analyseresultat imidlertid signifikant anderledes (p < 0,05) end deres laboratoriereferenceanalyse.然而，在中国进行的研究中15，大安基因检测的结果与其实验室定义的参考检测相比有显着差异（p < 0,05）.然而，在中国进行的研究中15，大安基因检测的结果与其实验室定义的参考检测相比有显着差<0,05 Однако в исследовании, проведенном в Китае15, результаты генетического теста Daan значительно отличались в поюсра (p < 0,05) его эталонным лабораторным тестом. I et studie i Kina15 var resultaterne af Daans genetiske test imidlertid signifikant forskellige (p < 0,05) sammenlignet med referencelaboratorietesten.Denne uoverensstemmelse kan skyldes referencetestens følsomhed til at detektere SARS-CoV-2, og yderligere undersøgelser kan være vigtige for at bestemme årsagen.
Derudover evaluerede vores undersøgelse den sammenlignende ydeevne af SARS-CoV-2 BGI-assayet med CRS og viste fremragende positiv procentvis overensstemmelse (PPA = 97,9%), negativ procentvis overensstemmelse (NPA = 100%) og samlet procentvis overensstemmelse efter køn (OPA). = 98,8%). Cohens Kappa-værdier viste god overensstemmelse (K = 0,975). Studier i Holland16 og Kina15 har vist ensartede resultater. SARS-CoV-2 BGI-testen er en enkeltgen-detektionstest (ORF1a/b) med 10 µl amplifikations-/detektionseluat. Trods god statistisk overensstemmelse med vores referenceresultater overså analysen to positive prøver (1,22%) af den samlede prøve. Dette kan have enorme kliniske implikationer for transmissionsdynamikken på både patient- og samfundsniveau.
En anden sammenlignende analyse, der blev inkluderet i dette studie, var Sansure Biotech nCoV-2019 rRT-PCR (RUO)-assayet; den samlede matchprocent var 96,3 %. Overensstemmelsesstyrken blev også bestemt af Cohens Kappa-værdi, som var 0,925, hvilket indikerer fuld overensstemmelse med CRS. Igen er vores resultater identiske med studier udført på Central South University i Changsha, Kina, og på Clinical Laboratory Department på Liuzhou People's Hospital i Liuzhou City, Kina17. Selvom ovenstående gode statistiske overensstemmelse blev registreret, viste chi-i-anden-testen (MacNemar-testen), at resultatet af Sansure Biotech-assayet havde en statistisk signifikant forskel sammenlignet med CRS (p < 0,005). Selvom ovenstående gode statistiske overensstemmelse blev registreret, viste chi-i-anden-testen (MacNemar-testen), at resultatet af Sansure Biotech-assayet havde en statistisk signifikant forskel sammenlignet med CRS (p < 0,005). Несмотря на то, что было зафиксировано указанное выше хорошее статистическое соответствие, критратерикий Макнемара) показал, что результат анализа Sansure Biotech имеет статистически значимое различие på сравнению с CRS (p. 5 <). Selvom den ovenstående gode statistiske overensstemmelse blev registreret, viste chi-kvadrat-testen (McNemar-testen), at resultatet af Sansure Biotech-assayet havde en statistisk signifikant forskel sammenlignet med CRS (p < 0,005).尽管记录了上述良好的统计一致性，但卡方检验（MacNemar 检验）桨明，Sansure CR Biotech相比具有统计学显着差异（p < 0,005）.尽管 记录 了 上述 良好 统计 一致性 ， 但 检验 （（macnemar 检验 桨明 , san biotech ，与 crs 相比 具有 显着 （(p <0,005。。。。。。。。。。… Несмотря на отмеченное выше хорошее статистическое соответствие, критерий хи-квадрат (критерий Макрамакне) статистически значимую разницу (p < 0,005) между анализом Sansure Biotech og CRS. Trods den gode statistiske overensstemmelse nævnt ovenfor viste chi-i-anden-testen (McNemar-testen) en statistisk signifikant forskel (p < 0,005) mellem Sansure Biotech-assayet og CRS.Seks prøver (3,66%) viste sig at være falsk negative sammenlignet med CRS (Supplerende Tabel 1); dette er meget vigtigt, især i betragtning af dynamikken i virussens transmission. Ovenstående data understøtter også denne lave detektionsrate15.
I dette studie blev Ct-værdier bestemt for hvert assay og den respektive platform, med den laveste gennemsnitlige Ct-værdi rapporteret i Abbott SARS-CoV-2-assayet. Dette resultat kan være relateret til Abbotts samtidige kombinerede genetiske testsystem til påvisning af SARS-CoV-2. Derfor havde 87,6 % af Abbott SARS-CoV-2-resultaterne, ifølge figur 1, Ct-værdier under 20. Kun et lille antal prøveresultater (12,4 %) lå i området 20-30. Ct-værdier over 30 blev ikke registreret. Ud over Abbotts brug af SARS-CoV-2-panelets genetiske testformat kan dette resultat være relateret til den nedre detektionsgrænse (32,5 RNA-kopier/ml)18, hvilket er tre gange lavere end virksomhedens nedre grænse på 100 RNA-kopier/ml)19.
Dette studie har nogle begrænsninger: for det første har vi ikke standard-/referencemetoder [såsom viral load eller andre laboratorietests (LDA)] på grund af manglende ressourcer. For det andet var alle prøver, der blev brugt i dette studie, nasofaryngeale podninger, mens resultaterne ikke var anvendelige på andre prøvetyper, og for det tredje var vores stikprøvestørrelse lille.
Dette studie sammenlignede ydeevnen af fire rRT-PCR-analyser for SARS-CoV-2 ved hjælp af nasofaryngeale prøver. Alle detektionsanalyser havde næsten sammenlignelig ydeevne, med undtagelse af Sansure Biotech-analysen. Derudover blev den lave positivitetsrate identificeret i Sansure Biotech-assayet sammenlignet med CRS (p < 0,05). Derudover blev den lave positivitetsrate identificeret i Sansure Biotech-assayet sammenlignet med CRS (p < 0,05). Кроме того, в тесте Sansure Biotech был выявлен низкий процент положительных результатов по сравнению с CRS (p < 0,05). Derudover viste Sansure Biotech-testen en lav procentdel af positive resultater sammenlignet med CRS (p < 0,05).此外，与CRS 相比，Sansure Biotech 检测的阳性率较低(p < 0,05)。此外，与CRS 相比，Sansure Biotech 检测的阳性率较低(p < 0,05)。 Кроме того, анализ Sansure Biotech имел более низкий уровень положительных результатов по сравнению с CRS (p < 0,05). Derudover havde Sansure Biotech-assayet en lavere positivitetsrate sammenlignet med CRS (p < 0,05).Sansure Biotech nCoV-2019 (RUO)-analysen af PPA, NPA og samlet overensstemmelse oversteg 93,5 % med en Cohen Kappa-styrke-af-overensstemmelsesværdi på 0,925. Endelig skal Sansure Biotech Assay (RUO) valideres yderligere til brug i Etiopien, og yderligere forskning bør overvejes for at evaluere påstande fra individuelle producenter.
Et sammenlignende studiedesign blev udført på fire sundhedsfaciliteter i Addis Abeba: Eka Kotebe Hospital, Millennium Church Treatment Centre, Zewooditu Memorial Hospital og St. Peter's Tuberculosis Specialist Hospital. Dataene blev indsamlet mellem 1. og 31. december 2020. De medicinske faciliteter til dette studie blev bevidst udvalgt baseret på deres høje antal tilfælde og tilgængeligheden af større behandlingscentre i byen. Tilsvarende blev instrumenter, herunder ABI 7500 og Abbott m2000 realtids-PCR-instrumenterne, udvalgt i henhold til anbefalingerne fra NAAT-reagensproducenterne, og fire PCR-detektionskit blev udvalgt til dette studie, da de fleste laboratorier i Etiopien brugte mindst fire af dem. Gentest, Abbott SARS-CoV-2-test, Sansure Biotech-test og SARS-CoV-2 BGI-test udført under studiet.
Testning for SARS-CoV-2 blev udført fra 1. til 30. december 2020 ved hjælp af 3 ml Viral Transport Medium (VTM) (Miraclean Technology, Shenzhen, Kina) fra personer, der var under undersøgelse for COVID-19, og som blev henvist til EPHI. Nasofaryngeale prøver blev indsamlet af uddannede prøveindsamlere og sendt til EPHI i trippelpakker. Før isolering af nukleinsyrer tildeles hver prøve et unikt identifikationsnummer. Ekstraktion udføres fra hver prøve umiddelbart efter ankomst ved hjælp af manuelle og automatiske ekstraktionsmetoder. Til automatisk ekstraktion af Abbott m2000 blev der således ekstraheret 1,3 ml (inklusive 0,8 ml dødvolumen og 0,5 ml ekstraktionsindløbsvolumen) af prøven fra hver prøve og ført gennem Abbott DNA Sample Preparation System (Abbott Molecular Inc. des Plaines, IL, USA). En batch på 96 [92 prøver, to detektionskontroller og to ikke-skabelonkontroller (NTC)] blev inkluderet i den samlede proces (udvinding og detektion) af to runder SARS-CoV-2 (EUA) minedrift i realtid. Tilsvarende anvendes de samme prøver til manuel ekstraktion (til automatisk ekstraktion og opdagelse). Således blev 140 µl prøver alikvoteret og ekstraheret gennem hele processen ved hjælp af QIAamp Viral RNA Mini Kit (QIAGEN GmbH, Hilden, Tyskland) i batches på 24 (inklusive 20 prøver, to assaykontroller og to NTC'er) over ni runder. Manuelt ekstraherede eluater blev amplificeret og detekteret ved hjælp af en ABI 7500 termisk cykler, der brugte SARS-CoV-2 BGI-assay, Daan Gene-assay og Sansure Biotech-assay.
Automatiseret isolering og oprensning af SARS-CoV-2 viralt RNA følger princippet om magnetiske perler ved hjælp af Abbott DNA-prøveforberedelsesreagenser. Inaktivering af prøver og solubilisering af viruspartikler udføres ved hjælp af et detergent indeholdende guanidinisothiocyanat for at denaturere proteinet og inaktivere RNase. RNA'et separeres derefter fra proteinet ved fastfaseseparation ved hjælp af silica, dvs. guanidiniumsaltet, og lysisbufferens alkaliske pH-værdi fremmer binding af nukleinsyrerne til silicaen (SiO2). Skylletrinnet fjerner resterende proteiner og rester for at producere en klar opløsning. Transparent RNA isoleres fra silicabaserede mikropartikler ved hjælp af instrumentets magnetfelt20,21. På den anden side udføres manuel isolering og oprensning af RNA ved hjælp af spinkolonnemetoden, der bruger centrifugering i stedet for et magnetisk stativ og separation af mikropartikler fra eluenten.
Abbott Real-Time SARS-CoV-2 Detection Test (Abbott Molecular, Inc.) blev udført i henhold til producentens instruktioner, som modtog EUA19,22 fra WHO og FDA. I denne protokol blev prøveinaktivering før ekstraktion udført i et vandbad ved 56 °C i 30 minutter. Efter virusinaktivering blev nukleinsyreekstraktion udført på et Abbott m2000 SP-instrument fra 0,5 ml VTM ved hjælp af et Abbott m2000 DNA-prøveforberedelsessystem ifølge producenten. Amplifikation og detektion blev udført ved hjælp af et Abbott m2000 RT-PCR-instrument, og dobbelt detektion blev udført for RdRp- og N-generne. ROX) og VIC P (proprietært farvestof) til målretning og detektion af interne kontroller, hvilket muliggjorde samtidig detektion af begge amplifikationsprodukter 19.
Amplifikationsdetektionsmetoden i dette kit er baseret på et-trins RT-PCR-teknologi. ORF1a/b- og N-generne blev udvalgt som konserverede regioner af Daan Gene Technology for at detektere amplifikation af målregionen. Specifikke primere og fluorescerende prober (N-genprober mærket med FAM, ORF1a/b-prober mærket med VIC) er blevet designet til at detektere SARS-CoV-2 RNA i prøver. Den endelige eluent og masterblandinger blev fremstillet ved at tilsætte 5 µl eluent til 20 µl af masterblandingen til et slutvolumen på 25 µl. Amplifikation og detektion blev udført samtidigt på et ABI 750024 realtids-PCR-instrument.
ORF1a/b- og N-generne blev detekteret ved hjælp af Sansure Biotech nCoV-2019 Nucleic Acid Diagnostic Kit (fluorescerende PCR-detektion). Forbered specifikke prober for hvert målgen ved at vælge FAM-kanalen for ORF1a/b-regionen og ROX-kanalen for N-genet. Til dette assaykit tilsættes eluent og mastermix-reagenser som følger: Forbered 30 µl mastermix-reagens og 20 µl elueret prøve til detektion/amplifikation. Realtids-PCR ABI 750025 blev anvendt til amplifikation/detektion.
SARS-CoV-2 BGI-testen er et fluorescerende realtids-rRT-PCR-kit til diagnosticering af COVID-19. Målregionen er placeret i ORF1a/b-regionen af SARS-CoV-2-genomet, som er en enkeltgen-detektionsmetode. Derudover er det humane housekeeping-gen β-actin et internt reguleret målgen. Mastermixen fremstilles ved at blande 20 µl af mastermix-reagenset og 10 µl af den ekstraherede RNA-prøve i en brøndplade26. Et ABI 7500 fluorescerende kvantitativt realtids-PCR-instrument blev anvendt til amplifikation og detektion. Al nukleinsyreamplifikation, PCR-kørselsbetingelser for hvert assay og fortolkning af resultater blev udført i henhold til den respektive producents instruktioner (Tabel 3).
I denne sammenlignende analyse brugte vi ikke referencestandardmetoden til at bestemme procentvis overensstemmelse (positiv, negativ og samlet) og andre sammenligningsparametre for de fire analyser. Hver testsammenligning blev udført med CRS. I dette studie blev CRS sat af reglen "enhver positiv", og resultatet blev bestemt. Vi brugte ikke en enkelt test, men mindst to matchede testresultater. Derudover er falsk negative resultater i tilfælde af COVID-19-smitte farligere end falsk positive resultater. For at kunne sige "positiv" så præcist som muligt ud fra et CRS-resultat, skal mindst to assaytests derfor være positive, hvilket betyder, at mindst ét positivt resultat sandsynligvis kommer fra et EUA-assay. Ud af fire testresultater betragtes to eller flere testresultater, der giver det samme resultat, således som sandt positive eller negative18,27.
Data blev indsamlet ved hjælp af strukturerede dataudtrækningsformularer, dataindtastning og analyse blev udført ved hjælp af Excel statistisk software og SPSS version 23.0 til beskrivende statistik. Positiv, negativ og samlet procentuel overensstemmelse blev analyseret, og en Kappa-score blev brugt til at bestemme graden af overensstemmelse for hver metode med CRS. Kappa-værdier fortolkes som følger: 0,01 til 0,20 for mild overensstemmelse, 0,21 til 0,40 for generel overensstemmelse, 0,41-0,60 for moderat overensstemmelse, 0,61-0,80 for væsentlig overensstemmelse og 0,81-0,99 for fuldstændig overensstemmelse28.
Etisk godkendelse blev indhentet fra University of Addis Abeba, og alle forsøgsprotokoller for dette studie blev godkendt af Etiopiens folkesundhedsinstituts videnskabelige etiske komité. Referencenummeret for EPHI's etiklicens er EPHI/IRB-279-2020. Alle metoder blev anvendt i overensstemmelse med anbefalingerne og bestemmelserne i de etiopiske nationale omfattende retningslinjer for behandling af COVID-19. Derudover blev der indhentet skriftligt informeret samtykke fra alle studiedeltagere forud for deltagelse i studiet.
Alle data, der er indsamlet eller analyseret i denne undersøgelse, er inkluderet i denne publicerede artikel. Data, der understøtter resultaterne af denne undersøgelse, er tilgængelige fra den respektive forfatter efter rimelig anmodning.
Verdenssundhedsorganisationen. Anbefalinger til laboratorieteststrategier for COVID-19: Midlertidig vejledning, 21. marts 2020 nr. WHO/2019-nCoV/lab_testing/2020.1 (WHO, 2020).
Mouliou, DS, Pantazopoulos, I. & Gourgoulianis, KI COVID-19 smart diagnose på skadestuen: Alt i praksis. Mouliou, DS, Pantazopoulos, I. & Gourgoulianis, KI COVID-19 smart diagnose på skadestuen: Alt i praksis.Muliou, DS, Pantazopoulos, I. og Gurgulianis, KI Intelligent diagnose af COVID-19 på akutmodtagelsen: alt i praksis.Muliou DS, Pantazopoulos I. og Gurgulyanis KI Intelligent diagnose af COVID-19 på akutmodtagelser: end-to-end integration i praksis. Expert Reverend Respire. medicine. 3, 263–272 (2022).
Mitchell, SL & St George, K. Evaluering af COVID19 ID NOW EUA-assayet. Mitchell, SL & St George, K. Evaluering af COVID19 ID NOW EUA-assayet.Mitchell, SL og St. George, K. Evaluering af COVID19 ID NOW EUA-assayet.Mitchell SL og St. George K. Evaluering af COVID19 ID NOW EUA-assayet. J. Clinical. Virus. 128, 104429. https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104429 (2020).
WHO. Laboratoriepåvisning af coronavirussygdom 2019 (COVID-19) ved mistænkt sygdom hos mennesker. https://www.who.int/publications/i/item/10665-331501 (tilgået 15. august 2020) (WHO, 2020).
Udugama, B. et al. COVID-19-diagnose: Sygdomme og testværktøjer. ACS Nano 14(4), 3822–3835 (2020).
Syed S. et al. Oprettelse af Kollegiet for Patologer i Øst-, Central- og Sydafrika – Regional Skole for Patologi i Mellemøsten og Sydafrika. Afrika. J. Lab. medicine. 9(1), 1-8 (2020).
Etiopisk Institut for Folkesundhed, Det føderale sundhedsministerium. Midlertidig national strategi og vejledning til laboratoriediagnose af COVID-19. https://ephi.gov.et/images/novel_coronavirus/EPHI_PHEOC_COVID-19_Laboratory_Diagnosis_Eng.pdf (tilgået 12. august 2020) (EPHI, 2020).
Woloshin, S., Patel, N. & Kesselheim, AS Falsk negative test for SARS-CoV-2 infektionsudfordringer og implikationer. Woloshin, S., Patel, N. & Kesselheim, AS Falsk negative test for SARS-CoV-2 infektionsudfordringer og implikationer.Voloshin S., Patel N. og Kesselheim AS Falsk-negative tests for SARS-CoV-2-infektioner og deres konsekvenser.Voloshin S., Patel N. og Kesselheim AS. Falsk-negative tests for provokation og virkningen af SARS-CoV-2-infektion. N. eng. J. Medicine. 383(6), e38 (2020).
Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI Falsk-positive og falsk-negative COVID-19 tilfælde: Strategier til forebyggelse og behandling af respiratorisk sygdom, vaccination og yderligere perspektiver. Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI Falsk-positive og falsk-negative COVID-19 tilfælde: Strategier til forebyggelse og behandling af respiratorisk sygdom, vaccination og yderligere perspektiver. Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI. вакцинация и дальнейшие перспективы. Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI Falsk positive og falsk negative tilfælde af COVID-19: strategier for forebyggelse og behandling af respiratorisk sygdom, vaccination og vejen frem.Muliu, DS og Gurgulianis, KI Falsk-positive og falsk-negative tilfælde af COVID-19: strategier til forebyggelse og behandling af respiratorisk sygdom, vaccination og vejen frem. Expert Reverend Respire. medicin. 15(8), 993-1002 (2021).
Mouliou, DS, Ioannis, P. & Konstantinos, G. COVID-19-diagnose på skadestuen: At se træet, men miste skoven. Mouliou, DS, Ioannis, P. & Konstantinos, G. COVID-19-diagnose på skadestuen: At se træet, men miste skoven.Mouliou, DS, Ioannis, P. og Konstantinos, G. COVID-19-diagnose på skadestuen: Se træet, tab skoven.Muliou DS, Ioannis P., og Konstantinos G. COVID-19-diagnose på skadestuer: Ikke nok skov til træerne. Appear. medicine. J. https://doi.org/10.1136/emermed-2021-212219 (2022).
Degli-Angeli, E. et al. Validering og validering af den analytiske og kliniske ydeevne af Abbott RealTime SARS-CoV-2-assayet. J. Clinical. Virus. 129, 104474. https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104474 (2020).
Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. Sammenligning af fem primersæt fra forskellige genomregioner af COVID-19 til detektion af virusinfektion ved konventionel RT-PCR. Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. Sammenligning af fem primersæt fra forskellige genomregioner af COVID-19 til detektion af virusinfektion ved konventionel RT-PCR.Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. og Aflatunyan, B. Sammenligning af fem sæt primere fra forskellige regioner af COVID-19-genomet til detektion af virusinfektion ved konventionel RT-PCR. Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. 比较来自COVID-19不同基因组区域的五个引物组，用于通过常规RT-PCR 检测病毒感染. Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. Sammenligning af 5 forskellige genetiske regioner af COVID-19 til påvisning af virusinfektion ved konventionel RT-PCR.Mollaei HR, Afshar AA, Kalantar-Neyestanaki D, Fazlalipour M. og Aflatunyan B. Sammenligning af fem sæt primere fra forskellige regioner af COVID-19-genomet til detektion af virusinfektion ved konventionel RT-PCR.Iran. J. Mikrobiologi. 12(3), 185 (2020).
Goertzer, I. et al. Foreløbige resultater af det nationale eksterne kvalitetsvurderingsprogram til påvisning af SARS-CoV-2-genomsekvenser. J. Clinical. Virus. 129, 104537. https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104537 (2020).
Wang, M. et al. Analytisk evaluering af effekten af fem RT-PCR-kits til behandling af alvorlig akut respiratorisk syndrom med coronavirus 2. J. Clinical. laboratory. anus. 35(1), e23643 (2021).
Wang B. et al. Evaluering af syv kommercielt tilgængelige SARS-CoV-2 RNA-detektionskit i Kina baseret på realtids-polymerasekædereaktion (PCR). klinisk. Kemisk. laboratorium. medicin. 58(9), e149-e153 (2020).
van Casteren, PB et al. Sammenligning af syv kommercielle RT-PCR COVID-19 diagnostiske kits. J. Clinical. Virus. 128, 104412 (2020).
Lu, Yu m.fl. Sammenligning af diagnostisk ydeevne af to PCR-kits til påvisning af SARS-CoV-2 nukleinsyrer. J. Clinical. laboratory. anus. 34(10), e23554 (2020).
Lefart, PR, osv. En sammenlignende undersøgelse af fire SARS-CoV-2-platforme til nukleinsyreamplifikationstest (NAAT) viste, at ID NOW-ydeevnen blev signifikant forringet afhængigt af patient og prøvetype. diagnose. mikrobiologi. Infect. diss. 99(1), 115200 (2021).
Abbott-molekyle. Indlægsseddel til Abbott realtidsanalyse af SARS-CoV-2. https://www.molecular.abbott/us/en/products/infectious-disease/RealTime-SARS-CoV-2-Assay. 1-12. (Pr. 10. august 2020) (2020).
Klein, S. et al. SARS-CoV-2 RNA-isolering ved hjælp af magnetiske perler til hurtig storskaledetektion ved hjælp af RT-qPCR og RT-LAMP. Virus 12(8), 863 (2020).
Opslagstidspunkt: 8. december 2022
Privatlivsindstillinger